의뢰 받는 샘플중 대다수가immunoprecipitation (IP) 샘플인데, 이 방법의 마지막 elution step에서 실험실 마다 선호하는 방법이 다르다는 것이다.
게다가, 선호하는 물질들 중 대다수가 mass spectrometry랑 궁합이 안좋은 salt 들이 많다.
이를 해결하기 위해 salt removal spin column이나 trap column 아니면 SDS-PAGE 젤 등을 이용했으나 이 방법들은 비싸거나 (salt removal spin column은 보통 개당 5불 이상씩이다) 번거롭고 (손이 많이가서), 시간이 오래 걸리고, 느낌상 잃어버리는 샘플이 많다는 단점들이 있었다.
그래서 이런 방법들을 사용할 때마다 '어디 좋은 방법없나?' 고민하곤 했다.
그러다 다음의 논문을 발견했다.
내가 RNA-seq을 할때 너무나 좋아했던 (간단해서), magnet nead를 이용한 정제 방법이라니!!!
때마침, salt가 너무 많아서 trypsin digested peptide 상태에서 정제가 필효한 샘플이 나타났고, 그래서 다음과 같이 비교 실험을 하기로 했다.
그리고 그 결과는 다음과 같았다.
크로마토그램만 보자면 확실히, 기존의 trap column을 이용한 방법보다 깨끗해 보인다 (intensity가 낮은 것은 처음 시작한 샘플양의 차이에 기인한다고 본다. 내 마음대로).
 |
| Trap column 사용 |
 | |
| Magnet bead 사용 |
그리고 Proteome Discoverer를 통한 분석 결과는 10% 정도 더 많은 유의미한 spectrum을 얻을 수 있었으며, identified protein의 갯수도 그 정도 늘어난 것으로 나타났다.
결과적으로, 너무너무 마음에 드는 방법을 찾아냈다!!!
참고로, 이 실험에 사용한 magnet bead의 가격을 살펴보면 다음과 같다.
논문에 나온 방법대로 hydrophobic한 bead와hydrophilic한 bead를 1:1로 섞어서 쓰다 보니, 위에 나와있는 제품을 가지고 알뜰하게 마지막 1 uL까지 긁어서 쓴다고 치면,
40 uL (20 uL from hydrophobic and the other 20 uL from hydrophilic bead) for 50 samples
30 mL will be enough for 37,500 samples.
It costs $794.52 (Yep, I forgot to add tax and shipping) for both of the beads.
So, it'll cost $794.52/37500samples = 2 cents per sample.
싸다!!!
이제 상담할 때 자랑할 수 있는 것이 생겼다 (고마워요 논문 저자들!!!)
